1. 常用命令无法使用

用户编辑~/.bashrc时，PATH环境变量相关的部分编写错误，会导致出现下面这种常用命令无法使用的情况。

  1      $ cat test.txt

   2      bash: cat: command not found...

解决方法：使用vim的绝对路径来编辑~/.bashrc，将写错的部分改正，重新开个登录窗口即可。

$ /bin/vim ~/.bashrc

2. module av显示的软件很少

使用系统module之前，需要先设置相关环境变量，否则会出现module av显示的软件很少，或module load无法载入某个软件的情况。module环境配置见 Module使用

3. 节点/tmp空间不够

部分节点可能会因为作业在/tmp目录下写入的文件过多，导致系统盘耗尽，进而导致作业无法往/tmp目录内写入临时文件，出现类似如下的报错。

cannot create temp file for here-document: No space left on device

使用lsload命令查看该节点的资源信息，可看到tmp剩余空间为0，请联系管理员，清理/tmp目录。

   1      $ lsload c01n01

   2      HOST_NAME status r15s r1m r15m ut pg ls it tmp swp mem

   3      c01n01 ok 8.0 7.8 7.9 22% 0.0 0 4226 0 3.7G 241G

可以有以下两种方式重新投递作业：

处理方式1：

作业本身不往/tmp目录下写入很多数据，是其它作业把/tmp目录写满了。可以使用lsf相关选项，重新投递出错的作业到其它/tmp目录有空闲的节点。

-R "select[tmp>10G]"

处理方式2：

作业本身需要往/tmp内写入大量的数据，建议使用TMP 环境变量重新设置临时目录到本地。有多个类似作业时，建议每个作业一个目录，避免文件重名程序出错。bs_seeker repex_tarean paragraph等都会往/tmp目录下写入大量的数据，使用时注意设置TMP环境变量。

   1      #BSUB -J program

   2      #BSUB -n 10

   3      #BSUB -R span[hosts=1]

   4      #BSUB -o %J.out

   5      #BSUB -e %J.err

   6      #BSUB -q normal

   7      tmpn=`mktemp -u programname_XXXXX`

   8      tmpd="${HOME}/tmp/${tmpn}"

   9      mkdir -p ${tmpd}

  10     echo ${tmpd}

  11     export TMP=${tmpd}

  12     # 运行程序

  13     program...

  14     # 清理临时文件

  15     rm -r ${tmpd}

4. 存储超过配额

写入数据或程序运行时出现 Disk quota exceeded的报错，说明存储空间或文件数超过配额。diskquota 查看存储使用情况，清理账号下的数据至配额之下方可正常写入数据。建议对所有数据扫描一遍，压缩删除不必要的数据，参考 文件扫描。如果需要增加存储配额，可按这个步骤处理申请增加配额。

   1      $ diskquota

   2      Filesystem type blocks quota limit in_doubt grace | files quota limit in_doubt grace Remarks

   3      public USR 43.74T 20T 20T 0 7 days | 9890452 17500000 17500000 0 none

   4      $ cp data/NT/taxdb.btd.gz .

   5      cp: error writing ‘./taxdb.btd.gz’: Disk quota exceeded

   6      cp: failed to extend ‘./taxdb.btd.gz’: Disk quota exceeded

5. github 下载缓慢

校园网下载github上的软件不稳定，经常会出现下载缓慢或无法链接的情况，可以使用github镜像，参考 github

6. 登录节点使用conda安装软件等待时间过长

conda安装软件过程中，会运行python程序，如果此时间过长，会被监控程序判定为在登录节点跑作业进而将相关python程序杀掉，导致conda安装过程一直处于等待状态，建议进入交互节点后再使用conda安装程序。R包安装过程也有类似问题，建议在交互节点安装R包。

此外conda安装软件时，刚开始的resolving时间可能会很长，建议使用mamba替代conda，见 mamba使用。

7. 新版conda命令行提示符异常

conda升级到22.9.0之后，激活conda环境出现如下的命令行提示符显示异常

   1      (base)

   2      (base)

解决办法

   conda init bash

重新登录账号，即可恢复正常

   (base) [username@login01 ~]$

8. 'GLIBC_x.xx' not found

软件运行时出现类似version 'GLIBC_2.29' not found 的报错，一般是系统上glibc版本比较低导致的，解决方法见集群文档 glibc。

9. 'GLIBCXX_x.x.x' not found

部分应用程序使用高版本GCC编译，直接在集群上运行时，由于集群默认GCC版本较低(gcc 4.8.5)，会出现类似如下的'GLIBCXX_x.x.x' not found报错。

   1      $ ./program

   2      program: /lib64/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.20' not found(required by program)

此时可以加载对应高版本的GCC，然后再运行程序，如module load GCC/5.4.0-2.26。

常用GCC版本与GLIBCXX的对应版本如下所示，完整列表见：ABI Policy and Guidelines

   1      GCC 4.8.0: GLIBCXX_3.4.18, CXXABI_1.3.7

   2      GCC 4.8.3: GLIBCXX_3.4.19, CXXABI_1.3.7

   3      GCC 4.9.0: GLIBCXX_3.4.20, CXXABI_1.3.8

   4      GCC 5.1.0: GLIBCXX_3.4.21, CXXABI_1.3.9

   5      GCC 6.1.0: GLIBCXX_3.4.22, CXXABI_1.3.10

   6      GCC 7.1.0: GLIBCXX_3.4.23, CXXABI_1.3.11

   7      GCC 7.2.0: GLIBCXX_3.4.24, CXXABI_1.3.11

   8      GCC 8.1.0: GLIBCXX_3.4.25, CXXABI_1.3.11

   9      GCC 9.1.0: GLIBCXX_3.4.26, CXXABI_1.3.12

  10     GCC 9.2.0: GLIBCXX_3.4.27, CXXABI_1.3.12

  11     GCC 9.3.0: GLIBCXX_3.4.28, CXXABI_1.3.12

  12     GCC 10.1.0: GLIBCXX_3.4.28, CXXABI_1.3.12

  13     GCC 11.1.0: GLIBCXX_3.4.29, CXXABI_1.3.13

  14     GCC 12.1.0: GLIBCXX_3.4.30, CXXABI_1.3.13

  15     GCC 13.1.0: GLIBCXX_3.4.31, CXXABI_1.3.14

10. 常用库缺失解决

在安装或运行软件过程中经常出现类似 xxxx.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory的库缺失报错，一般加载或安装对应的库文件即可。

11. core dumped

造成"core dumped"错误的原因可能有多种，包括：

程序Bug：程序中存在错误、内存泄漏或未处理的异常，导致程序崩溃。在这种情况下，需要检查程序代码并修复错误，或向开发人员求助；

输入数据有问题。检查输入数据是否符合要求，或更换其他数据尝试；(如bsmap，参考基因组序列需要多行的格式，单行就出现core dump报错)

节点内存不够：程序使用的内存超过了系统可用的内存导致出错。可以更换内存更大的节点尝试；

12. too many open files

too many open files 报错的原因一般是某个进程打开了超过系统限制的文件数量，默认值为1024，非root用户可以使用命令设置到4096。

在本集群运行此作业如出现此报错，可在lsf脚本中添加 ulimit -n 4096 命令就可以临时将本账号的限制最大提升至4096，大于此值会出现权限不够的报错；如果还出现此报错，建议使用smp队列，smp队列中此值为32768；如果32768也不够，请联系管理员处理。

13. 软件离线运行

基于安全考虑，计算节点未联网，导致部分在运行过程中需要联网的软件无法正常运行，暂无统一解决办法，各软件离线运行方案如下。遇到类似问题可联系管理员协助处理。

busco离线运行

interproscan离线运行

FunGAP离线运行

IGV离线运行

部分WDL流程会在运行过程中下载singularity镜像，计算节点未联网会导致流程运行失败。解决办法为，在登录节点下载好镜像，然后替换WDL脚本中的镜像URL。如 atac-seq-pipeline 的WDL脚本中有2个地方用到了 https://encode-pipeline-singularity-image.s3.us-west-2.amazonaws.com/atac-seq-pipeline_v2.2.2.sif，首先下载这个镜像，然后将这个URL替换成 DIR/atac-seq-pipeline_v2.2.2.sif 即可

nf-core 流程离线运行，见 nf-core

nextflow 脚本离线运行需配置 export NXF_OFFLINE='true'